أمها خديجة بنت خويلد ولدت يوم الجمعة 20 جمادي الآخرة في السنة الخامسة بعد البعثة النبوية بعد حادثة الإسراء والمعراج بثلاث سنوات (( حسب الروايات الشيعية )) أو في السنة الخامسة قبل البعثة النبوية في مكة المكرمة ، والنبي له من العمر خمسة وثلاثين عاماً (( حسب روايات أهل السنة والجماعة )) .
شهدت فاطمة منذ طفولتها أحداثاً جساماً كثيرةً ، فقد كان النبي يعاني من اضطهاد قريش وكانت فاطمة تعينه على ذلك الاضطهاد وتسانده وتؤازره ، كما كان يعاني من أذى عمه أبي لهب وامرأته أم جميل من إلقاء القاذورات أمام بيته فكانت فاطمة تتولى أمور التنظيف والتطهير .
وكان من أشد ما قاسته من آلام في بداية الدعوة ذلك الحصار الشديد الذي حوصر فيه المسلمون مع بني هاشم في شعب أبي طالب وأقاموا على ذلك ثلاث سنوات ، فلم يكن المشركون يتركون طعاماً يدخل مكة ولا بيعاً إلا واشتروه حتى أصاب التّعب بني هاشم واضطروا إلى أكل الأوراق والجلود ، وكان لا يصل إليهم شيء إلا مستخفياً ، ومَن كان يريد أن يصل قريباً له من قريش كان يصله سراً .
وقد أثر الحصار والجوع على صحة فاطمة ولكنّه زادها إيماناً ونضجاً ، وما كادت فاطمة الصغيرة تخرج من محنة الحصار حتى فوجئت بوفاة أمها خديجة فامتلأت نفسها حزناً وألماً ، ووجدت نفسها أمام مسؤوليات ضخمة نحو أبيها النبي الكريم وهو يمرّ بظروف قاسية خاصة بعد وفاة زوجته وعمّه أبي طالب ، فما كان منها إلا أن ضاعفت الجهد وتحملت الأحداث بصبر ، ووقفت إلى جانب أبيها الرسول الكريم لتقدم له العوض عن أمها وزوجته ولذلك كانت تُكنّى بـ " أم أبيها ".
وقد تزوجها علي بن أبي طالب رضي الله عنه بعد الهجرة وذلك بعد بدر بأربعة أشهر ونصف ، وبنى بها بعد ذلك بسبعة أشهر ونصف فأصدقها درعه الحطمية وقيمتها أربعمائة درهم ، وكان عُمرها إذ ذاك خمس عشرة سنة وخمسة أشهر ، فولدت له حسناً وحسيناً ومحسناً وأم كلثوم التي تزوج بها عمر بن الخطاب رضي الله عنه بعد ذلك .
وفي الثالث من شهر رمضان سنة إحدى عشرة للهجرة توفيت ابنة رسول الله صلى الله عليه وسلم فاطمة رضي الله عنها وأرضاها وهي بنت تسع وعشرين سنة .
ولما حضرتها الوفاة أوصت إلى أسماء بنت عميس امرأة أبي بكر الصديق ، فغسّلتها هي وعلي بن أبي طالب وسلمى أم رافع ، قيل : والعباس بن عبد المطلب رضي الله عنهم أجمعين .